Jawa Timur
Suku Bajo diperkirakan banyak terdapat di Kepulauan Kangean, Sumenep. Umumnya mereka tinggal di Pulau Sapeken, Pagerungan Besar, Pagerungan Kecil, Paliat dan pulau-pulau sekitarnya. Mereka tinggal bersama dengan suku Madura dan Bugis.
Bali
Orang Bajo dari Kangean dan lain tidak bermukim secara eksklusif dibanding daerah lainnya. Kebanyakan ditemui di Singaraja dan Denpasar atau kawasan pantai membaur dengan masyarakat Bali dan Bugis. Ada yang tahu mungkin? Mohon bantuannya.
Nusa Tenggara Barat
Suku Bajo di pulau Lombok ditemui disebuah kampung di Kecamatan Labuhan Haji, Lombok Timur. Sedangkan di Pulau Sumbawa, mereka banyak dijumpai di wilayah Kecamtan Utan, Kecamatan Alas, Pulau Moyo dan sekitarnya, serta kawasan Bima di belahan timur Sumbawa.
Nusa Tenggara Timur
Di Pulau Flores mereka dapat dijumpai di kawasan pesisir, mulai dari Kabupaten Manggarai Barat hingga Flores Timur (di sana ada kota bernama Labuhan Bajo yang diambil dari nama suku itu). Pemukiman mereka di Nusa Tenggara Timur antara lain di Lembata yakni di wilayah Balauring, Wairiang, Waijarang, Lalaba dan Lewoleba. Pulau Adonara : Meko, Sagu dan Waiwerang. Sedangkan sisanya bermukim di Pulau Solor, Alor dan Timor, terutama Timor Barat. Mereka sudah bermukim disana sejak ratusan tahun silam dan hidup rukun dengan penduduk setempat.
Gorontalo
Sepanjang pesisir Teluk Tomini, terpusat di wilayah Kabupaten Boalemo dan Gorontalo.
Sulawesi Tengah
Kepulauan Togian di Teluk Tomini, Tojo Una-Una, Kepulauan Banggai. Selain itu dimungkinkan dijumpai di pesisir Kabupaten Toli-Toli, Parigi Moutong dan Poso.
Sulawesi Tenggara
Terdapat di pesisir Konawe dan Kolaka (pulau utama). Di Pulau Muna (Desa Bangko, Kecamatan Baginti yang konon sudah ada sejak abad ke-16), Pulau Kabaena, Pulau Wolio, Pulau Buton, Kepulauan Wakatobi (Kaledupa, Binongko, Kapotta dan Tomea).
Sulawesi Selatan
Terpusat di Kelurahan BajoE, Kabupaten Bone. Orang Bajo banyak tinggal di kawasan sepanjang pesisir teluk Bone sejak ratusan tahun silam.
Orang Bajo juga banyak bermukim di pulau-pulau sekitar Kalimantan Timur, Maluku, dan Papua.